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매출은 늘었는데 세금 폭탄? 이커머스 셀러 부가세 신고, 미리 준비하는 법

안녕하세요, 내 옆의 물류 파스토입니다.
어느덧 2025년의 마지막 달, 12월입니다. 올 한 해 숨 가쁘게 달려오신 셀러분들 모두 정말 고생 많으셨습니다. 한 해의 매출을 정리하며 뿌듯함을 느끼는 것도 잠시, 우리를 기다리고 있는 중요한 일정이 하나 있죠. 바로 다가오는 '1월 부가가치세(부가세) 확정 신고'입니다.
"세무사님이 알아서 해주겠지..." 하고 계신가요? 하지만 내 돈이 나간 내역을 꼼꼼히 챙겨주지 않으면, 세무사도 공제해 줄 방법이 없습니다. 이커머스에서 '세금 관리'는 곧 '순수익 방어'입니다. 특히 마진율이 박한 온라인 판매 특성상, 매입세액 공제를 얼마나 꼼꼼히 챙기느냐에 따라 1월의 현금 흐름이 완전히 달라집니다.
이번 글에서는 1월 부가세 신고를 앞두고, 12월인 지금 이커머스 셀러분들이 반드시 챙겨야 할 항목별 상세 체크리스트와 놓치기 쉬운 절세 포인트를 아주 구체적으로 정리해 드릴게요.

1월 부가세 신고, 누가 언제 해야 하나요?

가장 먼저 내 사업자 유형에 따른 신고 기간을 확인해야 합니다.
신고 및 납부 기간: 2026년 1월 1일 ~ 1월 25일
매년 25일 마감 기간이나 주말이나 공휴일인 경우 그 다음 평일까지 자동으로 연장됩니다.
신고 대상
일반과세자: 2025년 7월 1일 ~ 12월 31일 (제2기 확정분)
간이과세자: 2025년 1월 1일 ~ 12월 31일 (1년 치 전체)
Tip: 간이과세자라도 연 매출 4,800만 원 이상이라면 세금계산서 발급 의무가 있을 수 있으니 꼼꼼히 확인하세요!

세금 줄여주는 마법, '적격 증빙' 3대장 챙기기

부가세 절세의 핵심 공식은 간단합니다.
[ 매출 세액 - 매입 세액 = 납부할 세금 ]
즉, '내가 사업을 위해 돈을 썼다(매입)'는 것을 증명해야 세금을 깎을 수 있습니다. 이때 국세청이 인정해주는 '적격 증빙' 3가지를 꼼꼼히 모아두었는지 지금 확인해보세요.
1.
세금계산서: 상품 사입, 임대료, 수수료 등 거래 시 무조건 발급받으세요.
2.
신용카드 매출전표: 사업용 신용카드로 결제한 내역입니다. (홈택스에 카드 등록 필수!)
3.
현금영수증: '지출증빙용'으로 발급받아야 합니다. (소득공제용 X)

이커머스 셀러가 꼭 챙겨야 할 '매입 공제' 항목

쇼핑몰 운영은 숨은 비용이 많습니다. 아래 항목들을 빠짐없이 챙겼는지 확인해보세요.

① 상품 매입 비용 (가장 큰 비중)

도매처나 공장에서 물건을 떼어올 때 받은 세금계산서가 누락되지 않았는지 체크하세요. 간혹 '무자료 거래'로 싸게 사입하는 경우가 있는데, 부가세 공제를 못 받을 뿐더러 종합소득세 때 비용 처리가 안 되어 더 큰 세금 폭탄을 맞을 수 있습니다.

② 오픈마켓 판매 수수료 & 서비스 이용료

스마트스토어, 쿠팡, 지마켓 등 플랫폼에 낸 수수료도 세금계산서 발행 대상입니다.
확인 방법: 각 판매자 센터의 [정산 관리] > [세금계산서 조회] 메뉴에서 플랫폼이 나에게 발행한 '매입 세금계산서' 내역을 확인하세요.

③ 택배비 및 물류비 (누락 주의!)

택배비는 셀러 지출의 20~30%를 차지하는 큰 항목입니다.
주의: 택배 기사님과 개인적으로 거래하거나 계좌이체만 하고 세금계산서를 제때 받지 못하는 경우가 빈번합니다. 12월 31일이 지나기 전에 반드시 챙겨야 합니다.

④ 광고비 (해외 결제)

네이버 검색 광고 등 국내 광고비는 세금계산서가 자동 발행되지만, 인스타그램(Meta), 구글 광고는 해외 결제라 세금계산서가 나오지 않습니다.
해결: 홈택스에 등록된 '사업용 신용카드'로 결제하여 카드 내역으로 증빙해야 합니다.

⑤ 기타 고정비

임대료(사무실/창고), 통신비(인터넷/전화), 전기요금 등도 사업자 명의로 되어 있다면 모두 공제 대상입니다.
주의! 공제받지 못하는 항목 (불공제 매입세액)
모든 지출이 다 공제되는 건 아닙니다. 아래 항목을 공제 항목에 넣었다가 나중에 가산세를 물 수 있으니 주의하세요.
접대비: 거래처 선물, 식사 비용 등
비영업용 소형 승용차 관련 비용: 차량 구입, 유류비, 수리비 (단, 경차나 9인승 이상 승합차는 공제 가능)
사업과 무관한 지출: 가사 경비, 개인적인 식사, 여행 등
간이과세자에게 받은 영수증: 일반과세자가 간이과세자에게 물건을 사고 받은 영수증은 공제가 불가능합니다.

물류비 정산, 파스토 시스템으로 투명하고 간편하게

"택배비 영수증 어디 갔지?", "이번 달 물류비가 정확히 얼마였지?" 매년 1월마다 흩어진 영수증을 찾느라 고생하고, 불투명한 정산 내역 때문에 답답하셨나요? 물류 파트너만 잘 만나도 세금 신고 준비가 확 달라집니다. 파스토는 자체 개발된 FMS(물류 관리 시스템)를 통해 실시간으로 물류비 현황을 확인하고, 체계적인 정산 프로세스를 제공하여 비용 누락 걱정을 덜어드립니다.
고민 포인트
일반 택배 / 소규모 3PL
파스토 활용
비용 확인
박스비, 작업비 등 내역 불투명
FMS에서 상세 이용 내역 언제든 실시간 조회 가능
증빙 발급
수기 영수증 요청 필요, 잦은 지연
정해진 절차에 따라 세금계산서 체계적 발행
결제 편의
현금 이체만 요구하는 경우 많음
카드(자동/수동), 가상계좌, 계좌이체 등 다양한 수단 지원
파스토는 카드 자동결제 등록을 통해 번거로움을 줄일 수 있으며, 상황에 따라 수동 결제나 계좌이체도 자유롭게 선택할 수 있습니다. 또한, 정산서 발송부터 세금계산서 발행까지 모든 절차가 시스템 안에서 체계적으로 이루어지므로, 증빙 누락 걱정 없이 사업 본질에만 집중하실 수 있습니다.
세금 관리도 '시스템'이 하면 다릅니다
복잡한 세무 신고, 1월에 닥쳐서 자료 준비하느라 밤새우지 마세요. 매출 정산부터 비용 증빙까지, 시스템이 갖춰진 파트너와 함께하면 '절세'는 자연스럽게 따라옵니다.
물류비 증빙 걱정 없는 투명한 풀필먼트, 다가오는 2026년은 파스토와 함께 가벼운 마음으로 시작하세요!